疫苗通常就是不具有感染能力的病原体（通过灭活或降活手段，让病原体不具有毒性，或者减弱毒性）进入人体，然后免疫细胞撞见，就会产生抗体来对抗。等到下次感染正常病原体，人的身体已经有抗体了，并且有经验了，于是就能保护人体免受病菌侵害，当真正的细菌或病毒来袭时，抗体就可以大量产出，干掉病毒！（但是这对高度变异的病原体无效，这也就是感冒没有疫苗的原因。）
疫苗就貌似军营的演习活动，伪装敌人或者主动找敌人，进行入侵演习，士兵会将其迅速清除，并获得该“敌人”的外貌及清除方法。一旦真正的敌人入侵，士兵会根据演习既往经验，迅速做出反应，清除敌人保护军营安全。
疫苗的原理即是利用人体免疫系统具有辨识敌我的能力，对于入侵人体的外来物质（如细菌、病毒等），会加以辨识并消灭。每种外来物质都具有自己独特的蛋白质成分，免疫学上称为”抗原“，就好像每个人都有自己的身分证号码作为辨识一样。当微生物入侵人体时，免疫系统就会辨认抗原。
人体免疫系统具有两项重要的特性：专一性及记忆性。
专一性是指一种抗体只能辨识及对付一种抗原，所以人体需要製造各式各样的抗体才能对付自然界中多变的外来物，而不至于乱枪打鸟。
当免疫系统第一次接触到某种抗原时，要产生对付它的抗体需要较久的时间（约 4-7 天），但下次再遇到相同病原时，就能迅速反应产生有效的抗体（约 1-2 天），这就是因为具有记忆性才能产生的反应。
为了保证抗原的生物学活性，大部分的疫苗都应该被贮存在 2~8 ℃ 的恒温环境里面。
疫苗虽经灭活或减毒处理，但毕竟是一种蛋白或具抗原性的其他物质，对人体仍有一定的刺激作用。
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