1825年3月4号宣誓就职。国会大厦举行盛典，参众两院议员、最高法院法官和即将离任的总统詹姆斯.门罗全体出席。
亚当斯发表就职演说，演说的主题是国家团结。亚当斯说，宪法和美国的民主代表制度经过实践检验，证明是成功的。如今美国自由强盛，从大西洋横跨北美大地，直到太平洋。
亚当斯说，过去十年，政党分歧出现缓和，所以大家现在应该集中精力，建立一个真正意义上的国家政府。亚当斯在讲话结束前表示，他知道自己没有得到多数选票，因此在今后的日子里，更需要所有人的帮助。讲话结束后，亚当斯宣誓就职，正式成为美国第六位总统。
报效国家对于约翰.昆西.亚当斯来说，是与生俱来的。他的父亲是美国第二位总统约翰,亚当斯，母亲阿比盖尔让他接受了最好的教育。约翰,昆西,亚当斯的政治生涯可以分为三个阶段，担任总统是其中最短的一段。
亚当斯政治生涯的头25年，被委派过很多职务，包括美国驻荷兰、德国、俄罗斯和英国的大使，并协助谈判结束了英美1812年战争。随后，亚当斯当过八年国务卿。亚当斯四年总统任期结束后，又做了17年国会众议员。1848年去世。
亚当斯担任国务卿期间，有两大重要成就。第一，提出了门罗主义。根据这一政策，当时的詹姆斯.门罗宣布，任何欧洲强国都不能在美洲大陆上建立殖民地，任何以此为目的的行动都将被视为对美国的和平与安全的威胁。
亚当斯的另外一大成就是跟西班牙达成的跨洲协议。根据协议，西班牙承认美国对佛罗里达的控制权。西班牙还接受了美国西部的边界线，从墨西哥湾到落基山脉，一直延伸到太平洋，大致就是今天美国俄勒冈州和加利福尼亚州的州界。
约翰.昆西.亚当斯不在乎党派之争。他曾试图启用自己的政敌，让内阁成员代表美国不同地域的利益，但是他的政敌拒绝加入亚当斯的政府。虽然亚当斯的内阁里包括南方人，但是他并没有得到南方的支持。
亚当斯政府里的其他人不肯放弃来之不易的政治特权，其中一位就是亚当斯的副总统的南卡罗来纳州的约翰.卡尔霍恩。卡尔霍恩希望有朝一日登上总统宝座，试图影响亚当斯对内阁要员的任命，但是亚当斯没有采纳他的意见。
最后，维吉尼亚前州长詹姆斯.巴伯出任战争部长、宾夕法尼亚州的理查德.拉什出任财政部长。马里兰州的威廉.沃特出任司法部长。亚当斯觉得，他选择的这些人代表了美国不同地域的利益。
亚当斯在向国会发表的第一次讲话中，谈到了他对联邦政府的认识。他表示，政府的首要任务是改善人民生活，要完成这一使命，亚当斯提出了一项修建道路和桥梁的计划。他还建议兴建一所全国大学和一个全国科技中心。
亚当斯说，国会的任务不仅局限于立法改善经济状况，还应该立法推动艺术和科技的发展。美国西部和南方的很多人认为，宪法并没有赋予政府这么大的权力。他们认为，这些权力属于各州，各州的国会代表因此驳回了亚当斯的提案。
约翰.昆西.亚当斯执政期间，美国的政治版图发生了变化。亚当斯的政敌在1826年的选举中控制了国会参众两院。这些人自称民主党人。他们支持安德鲁.杰克逊参加1828年的总统大选。
亚当斯执政期间的一项重要立法涉及进口关税。美国西部的一些州主张对进口工业产品征收关税，保护他们自己的产业。然而，南方各州反对进口关税，因为南方不生产需要保护的工业产品。他们认为，宪法没有赋予联邦政府权力，让政府批准进口关税。
民主党人需要西部和南方的支持，才能让安德鲁.杰克逊当选。出于这个原因，他们提出一项对西部有利的议案，尽管这项议案肯定不会通过。民主党人觉得，这样一来，西部和南方都会高兴，因为西部人觉得民主党人是在帮自己说话，而南方人则知道，进口关税不会变为现实。
让民主党人感到吃惊的是，很多东北部地区的国会议员加入了西部的阵营，投票支持议案。他们这些做，目的是让保护性贸易关税的想法继续存在，尽管贸易关税会对东北部工业造成伤害。
这项议案在国会参众两院都得到了通过，最后的决定落在了总统亚当斯的身上。这让亚当斯左右为难，不知道是应该批准还是应该否决。如果他在议案上签字，就意味着他相信，保护性贸易关税符合宪法，这样就会增加南方人对他的抵制；如果否决，他就会失去西部和南方的支持。亚当斯最后还是在议案上签了字，但是他明确表示，国会是这个法案的始作俑者。
国会里的民主党人还通过其他手段，削弱亚当斯总统的支持率。比如说，他们指责亚当斯滥用政府资金。他们试图证明，亚当斯和他的父亲、前总统老亚当斯，都曾利用工作之便，中饱私囊。
其他人则指责亚当斯让自己的支持者担任政府要职。这一指控纯属捏造。亚当斯的政府高层都建议亚当斯委任自己的亲信，但是遭到了亚当斯的拒绝。他觉得，只要政府雇员没有做错事，就应该继续留任。
四年总统任期里，亚当斯只解除过12个人的职务，这些人不是玩忽职守，就是犯有重罪。亚当斯还委任过不少在政治上并不支持自己的人。他认为，根据政治原因任命官员是错误的。很多帮助亚当斯当选的支持者不理解他这样做的理由，他们对亚当斯的支持也因此逐渐冷却。
亚当斯领导的共和党和杰克逊领导的民主党之间的政治斗争十分激烈，在媒体上表现得最为淋漓尽致。双方都有自己的报纸。每日全国日报支持亚当斯政府，美国电讯报支持杰克逊。
起初，支持政府的每日全国日报呼吁大家放弃个人恩怨，促进国家团结，但是后来改变了政策，不得不为共和党内的政治错误进行辩护。每日全国日报需要转移读者的注意力，因此发行了在大选期间用来攻击安德鲁.杰克逊的一本宣传小册子。这本小册子历数杰克逊的种种罪状，其中破坏性最大的，是说杰克逊霸占了别人的老婆。